Nậm Chảy bắt nguồn từ dải núi biên giới Việt - Trung ở phía bắc xã Nậm Chảy huyện Mường Khương, chảy về hướng nam tây nam. 22°44′28″B 104°04′10″Đ / 22,741045°B 104,069531°Đ / 22.741045; 104.069531 (Nậm Chảy Beg)

Tới phần nam xã Nậm Chảy và xã Lùng Vai, Nậm Chảy tiếp nhận dòng suối Văng Xá 22°38′46″B 104°03′10″Đ / 22,646058°B 104,052723°Đ / 22.646058; 104.052723 (suối Văng Xá).

Từ đó suối Nậm Chảy đổ vào sông Bá Kết (hay sông Pạc Chí Hồ) ở xã Bản Lầu. Tới xã Bản Phiệt thì sông Bá Kết đổ vào Nậm Thi[3]22°32′20″B 104°00′17″Đ / 22,538825°B 104,004849°Đ / 22.538825; 104.004849 (Nậm Thi).

Tên gọi suối được dùng cho đặt tên bản Nậm Chảy, núi Nậm Chảy và xã Nậm Chảy.